Пепсин – это глобулярный белок, молекулярная масса которого составляет около 34 500 дальтон. Молекула данного белка представляет собой полипептидную цепь, состоящую из 340 аминокислотных остатков, три дисульфидных связи (–S–S–) и фосфорной кислоты. Пепсин относится к классу эндопептидаз, то есть ферментов, расщепляющих пептидные связи внутри молекул белков и пептидов с образованием более коротких пептидов и отдельных аминокислот. Он работает наиболее эффективно при расщеплении пептидных связей, образованных ароматическими аминокислотами, такими как тирозин и фенилаланин. Однако, в отличие от трипсина и химотрипсина, пепсин не обладает строгой специфичностью.

Пепсин используется в лабораторных исследованиях для определения первичной структуры белков, а также в процессе производства сыра и в терапии некоторых заболеваний желудочно-кишечного тракта.